В составе университета - 18 факультетов, ведущих подготовку студентов по 45 специальностям:
* факультет математики и информатики; специальности - математика; прикладная математика; информатика
* физический факультет; специальности - физика; прикладная физика; радиофизика и электроника; компьютерные системы и сети;
* биологический факультет; специальности - биология; биофизика; садово-парковое хозяйство;
* химический факультет; специальности - химия; биохимия;
* исторический факультет; специальность - история;
* философский факультет; специальности - философия; политология; культурология;
* географический факультет; специальности - география; экология, охрана окружающей среды и сбалансированное природопользование; туризм;
* факультет славянской филологии и журналистики; специальности - русский язык и литература; перевод (русский язык); журналистика;
* факультет украинской филологии и украиноведения; специальность украинский язык и литература;
* факультет иностранной филологии; специальности - английский язык и литература; французский язык и литература; немецкий язык и литература; новогреческий язык и литература; перевод (английский язык и литература); перевод (немецкий язык и литература); перевод (французский язык и литература);
* юридический факультет; специальность - правоведение;
* экономический факультет; специальности - экономическая кибернетика; финансы и кредит; международная экономика;
* факультет управления; специальности - менеджмент организаций; менеджмент внешнеэкономической деятельности; менеджмент инновационной деятельности; управление инновационной деятельностью;
* факультет физической культуры и спорта; специальности - физическое воспитание; здоровье человека;
* факультет психологии; специальность - психология;
* факультет крымскотатарской и восточной филологии; специальности - турецкий язык и литература; крымскотатарский язык и литература; арабский язык и литература; персидский язык и литература;
* экономико-гуманитарный факультет в г. Мелитополе; специальности - здоровье человека; менеджмент внешнеэкономической деятельности; финансы и кредит; информатика; дизайн;
* Керченский экономико-гуманитарный институт; специальности - здоровье человека; финансы и кредит; психология; украинский язык и литература; английский язык и литература; экология, охрана окружающей среды и сбалансированное природопользование;
* Севастопольский экономико-гуманитарный институт; специальности - физическое воспитание; здоровье человека; психология; туризм; правоведение;
* Судакский факультет управления и экономики; специальность - менеджмент организаций.
Кроме того, действуют Институт последипломного образования, дающий второе высшее образование по 12 специальностям, а также факультет по работе с иностранными студентами.
Обучение во всех подразделениях университета ведётся по дневной и заочной формам, а в учебно-консультационных центрах - по заочной и дистанционной.
